La costruzione di questa grandiosa chiesa nel quartiere di Oltretorrente iniziò nel 1566, per volere di  Ottavio Farnese, per dare ai frati minori un nuovo luogo di culto, dopo la distruzione della loro precedente chiesa sita nell’area della Cittadella.
Il progetto fu affidato a Gian Battista Fornovo, il quale concepì la chiesa sulla base delle più ardite idee del suo maestro, Jacopo Barozzi detto il Vignola. I lavori, tuttavia, si fermarono dopo poco, e solo l’intervento della duchessa Margherita Aldobrandini, moglie di Ranuccio I, che assicurò la copertura economica, permise la ripresa della sua costruzione. Il nuovo architetto incaricato, Girolamo Rinaldi, seguì fedelmente il progetto del Fornovo, fuorché la copertura: a causa di un crollo avvenuto nel 1626, Rinaldi preferì optare per una volta, anziché una meno stabile cupola con lanterna, come previsto nel progetto iniziale.
L’esterno si presenta molto particolare, ma di sicuro fascino. L’accesso è protetto da un pronao annunciato da un arcone, al cui interno si aprono tre porte intagliate nel ‘600. Il corpo esterno è caratterizzato dal contrasto tra il pieno delle absidi circolari delle cappelle, e il vuoto dato dalla sequela di contrafforti del piano superiore. Una soluzione che permette un accentuato dinamismo visivo alla costruzione.
L’interno, invece, colpisce per la sua inusuale pianta quasi ellittica, composta da due semicerchi uniti da due rette, che dona un’acuta sensazione di dilatazione dello spazio in tutte le direzioni: non a caso la chiesa fu molto studiata da un maestro dell’illusione spaziale quale Filippo Juvarra. Alla pianta si aggiungono dieci cappelle e un atrio interno. Molto bello l’effetto ritmico dato dalla sequela delle cappelle, separate tra loro da lesene giganti a cui si innesta la volta.
La chiesa si segnala anche per la presenza di un discreto patrimonio artistico. Sopra l’altare maggiore campeggia la tela di Francesco Zaganelli da Vignola, pittore romagnolo molto influenzato dal Palmezzano, con la Madonna in trono, San Giovanni e San Francesco. Sotto, invece, l’Ecce Homo, settecentesca terracotta invetriata di Giuseppe Sbravati. Vicino alla porta si trova la copia ottocentesca dell’Annunciazione del Correggio, che si trovava nella prima chiesa minorita.